新華制藥在品牌建設中，突出強化了其質量特色，以專業手段打造金質品牌。其品牌標志集中體現于新華牌注冊商標。新華牌國內商標注冊于1951年，是我國最早注冊成功的一批商標。新華牌國際商標自2000年起已先后在美國、印尼、秘魯等國家和地區進行注冊。除主商標外，還根據自身產品的特點注冊了副商標。目前，該公司擁有商標96件，其中海外商標9件。被國家商務部認定為重點培育和發展的中國出口名牌。
“產品質量關系企業生命，藥品質量關系人的生命”的“兩個生命”的質量理念在新華制藥，已得到全員、全過程的深入貫徹實施。上世紀90年代新華制藥是第一批獲得國內“優秀質量管理獎”的企業，其先后有23個產品獲省部級以上優質產品獎，其中3個產品獲國家金質獎，3個產品獲國家銀質獎，多個產品獲山東省名牌產品。2012年其四大主力制劑產品愛菲樂、阿司匹林腸溶緩釋片（商品名：介寧）、雷貝拉唑鈉、吡哌酸等榮獲山東省“知名品牌”。
